古い住宅を買取りして、商店に改造しました。建物の種類は「居宅」から「店舗」へ変更したのですが、土地の地目は「宅地」から何か違う地目に変更するのでしょうか？

土地の地目は、「宅地」のままです。変更登記の必要はありません。
土地の地目に変更があったときには、変更のあったときから一ヶ月以内に地目に関する変更の登記を申請しなければなりません。